平凡な高校生の深町晶はふとしたことから奇妙なカプセルを拾ってしまう中から飛び出してきた怪異な物体に包まれて川へと落下する晶その傍ら、彼のガールフレンドである瀬川瑞紀に怪物や謎の男たちが迫っただが川から現われた別の怪人が怪物＝超獣化兵（ゾアノイド）を撃退男たちの正体は秘密結社クロノスの一員で、カプセルは結社が作り出した人間を強化させる「ユニットガイバー」だったユニットガイバーで怪人＝ガイバーIへ殖装（変身）する能力を得た晶彼とクロノスの戦いが始まる……　　劇中に登場するもう一人のガイバーことガイバーIIは原作と異なり女性キャラクターへ変更本作はOVAとして発売された同日に一部地域で劇場公開もなされている